近年來，消化醫學有相當長足的進步。除了普遍認知的「胃食道逆流症」及國人罕見的「巴瑞氏食道症」之外，台灣食道癌的病例不減反增，可能與嚼食檳榔、抽煙、喝酒之人口增加有關。幽門螺旋桿菌之發現，使得消化性潰瘍及胃炎的治療有了突破性發展，甚至未來胃癌可能也會隨之減少。但大腸直腸癌的發生率逐年升高，已躍居台灣十大癌症原因的第二、三位，使得大腸直腸癌反成了最重要的胃腸癌症，因而衍生的「大腸癌篩檢」計畫，更是未來政府防治重大癌症的重要議題。此外，隨著腹腔鏡手術及膽胰內視鏡術的進步，膽石症及總膽管結石症也不再成為困擾國人的難題，但胰臟癌仍是消化系統當中最難診斷與治療的疾病。在消化內視鏡方面的進步更是神速。傳統的胃鏡及大腸鏡，已由過去的胃照相機，光纖內視鏡，進入電子內視鏡時代。現在不但可以利用光學與影像技術，將內視鏡影像放大，也可利用窄頻（narrow band）技術將影像中的紅光去除後，讓胃腸或是食道粘膜之界限更明顯，微小血管之變化更清楚，可以觀察到許多粘膜之細小變化，偵測傳統內視鏡看不到的早期癌或微小癌症。甚至放大的倍數高到可以看到粘膜的組織學形象，有若組織切片的清晰。另一方面治療內視鏡也有突破性發展，過去只能以內視鏡進行止血或息肉切除術，近年來，內視鏡粘膜切除術（簡稱EMR）及內視鏡黏膜下剝離術（簡稱ESD），更使得早期癌之切除不再成為夢想。這些治療內視鏡的進步，加上膽道治療內視鏡，包括十二指腸乳頭切開術（簡稱EST），內視鏡逆行性經鼻膽道引流術（簡稱ENBD），內視鏡逆行性膽道引流術（ERBD）的進步，也使得傳統內外科的分野大大改變。內視鏡醫師逐漸變成了進行低侵襲性手術的外科醫師，而外科醫師則朝向微創手術，如腹腔鏡膽囊切除術，或經自然口穿壁內視鏡手術（NOTES）邁進。