為了更好地體現微生物學檢驗相關內容間的邏輯性、系統性和獨立性，本教材共分為六篇，其中細菌學總論一篇，細菌檢驗的基本技術、細菌學各論及檢驗、真菌學及檢驗、病毒學及以檢驗、臨床標本的細菌學檢驗等各論五篇。

教材圍繞檢驗專業專科培養目標和教學特點，在借鑒第一版教材成功經驗的基礎上從多方面進行了有益的嘗試，其主要特點為：

重點闡述科學概念和基本原理，並適當反映其新進展，在介紹檢驗方法或實驗項目的同時，注意引入循證醫學的觀點。

• 為便於形態學檢查教學的需要，盡可能多地配用了插圖，並附以簡明扼要的文字解釋，使之生動活潑、圖文並茂、易於理解。
• 在強調基本理論和基本技能的基礎上，書中加強了對醫院感染、微生態學和菌群失調症等相關內容的介紹和闡述。
• 為強化學生專業英語訓練和培養學生的自學能力，主要專業名詞注明英文，書後附了主要英漢專業詞彙對照。
• 為方便教師和學生及時獲取本本領域最新研究成果及資訊，培養學生的自學能力，拓展思維空間，書後附錄了有關參考文獻以及與醫學微生物學檢驗等相關的網站網址。